目前的大部分疾病都是混合感染造成的，因此控制疾病的措施也只能是综合性的。这些措施包括疫苗接种、药物保健、猪舍结构改变和饲养管理改善等四项措施。
一、疫苗接种
疫苗接种可以诱导不同年龄阶段的猪产生主动免疫。如猪瘟、五号病、伪狂犬病、细小病毒感染和流行性乙型脑炎等病毒性疾病必须通过免疫接种来预防。实际上一个猪场可以接种的疫苗很多，据不完全统计，需接种疫苗的种类多达17种。当然还有很多疾病没有疫苗可以使用，还有些疾病的病因没有完全搞清楚（如猪皮炎肾病综合症PDNS），因此不可能依靠疫苗接种预防所有疾病。
有些猪场陷入了误区，认为只要接种了疫苗就不会再发病了。实际上，好的疫苗也不可能有100%的保护率。大部份疫苗的保护率只有70～90%，并不是接种疫苗就能控制这种疾病。影响免疫效果的因素很多，除疫苗的质量外，还需要有合理的免疫程序、准确地操作。
二、药物保健
药物不但可以治疗疾病，而且更重要的是在于预防。在呼吸道疾病综合症、猪断奶后多系统衰弱综合症发病过程中，既有病毒的参与，又有细菌的参与，因此一旦发病，治疗的难度相当大。策略性用药可以起到事半功倍的效果。
药物的作用主要是在不同的饲养阶段切断疾病的传播环节，如开口料中添加药物可以预防仔猪的腹泻，特别是大肠杆菌等细菌性病原引起的腹泻。即使是病毒性腹泻，也需要抗菌药物控制继发感染。如可在开口料中添加10%支原泰妙1公斤+强力先预混剂1公斤混1吨饲料，可有效预防大肠杆菌、沙门氏菌引起的仔猪腹泻。
实际上，猪场主要是通过在4个阶段切断疾病的传播。在后备母猪饲料中添加10%支原泰妙1公斤+强力先预混剂1公斤或5%替米先1公斤+菌消清0.5公斤混1吨饲料，可有效净化后备母猪体内的细菌性病原体如肺炎支原体、猪痢疾密螺旋体、结肠螺旋体和细胞内劳森菌（回肠炎的病原体）等，确保后备母猪健康繁殖。具体用药时间是在配种前连续应用15天，或配种前每月连续用药7天，以上药方组交替使用。
经产母猪在产前、产后各7天连续添加10%支原泰妙1公斤+强力先预混剂1公斤或替米先5%1公斤+菌消清0.5公斤，混1吨饲料，可有效净化肺炎支原体，降低PRRSV的感染率，防止细菌性病原体的传播，更能预防子宫炎、乳房炎和泌乳障碍综合症，确保奶水的质量，降低仔猪腹泻的发病率（因母猪问题导致的仔猪腹泻，往往是整窝发病，而且单独治疗仔猪的疗效不确切，需要母仔同治），提高断奶窝重。断奶仔猪经历了很多应激反应，还有不同来源、不同胎次或产房的猪混养，这些猪的免疫水平不同，因而抵抗力有很大差异；此时，大部份疾病的母源抗体降低，各种疾病，特别是肺炎支原体、链球菌、猪痢疾密螺旋体、细胞内劳森菌和结肠螺旋体等最容易在此阶段感染，从而引起育肥猪的肺炎（猪呼吸道疾病综合症），因而此阶段特别需要添加药物预防疾病。添加的药物有10%支原泰妙1公斤+强力先预混剂1公斤或替米先5%1公斤+菌消清（强力先预混剂）1公斤，混1吨料。保育舍换料后连续添加15天。
保育阶段添加药物，可以避免过多的疫苗接种。
如果保育阶段没有使用药物，为了防止育肥阶段的呼吸道疾病综合症，可以在发病前如12周龄或17周龄添加支原泰妙10%1公斤+强力先预混剂1公斤或替米先5%1公斤+菌消清1公斤，拌1吨料，连续7天。
三、猪舍结构的改变
猪舍结构改变的核心目的是做到每一栋猪舍的全进全出。
全进全出是猪场保证消毒效果的前提，消毒药很难穿透厚厚的粪便和排泄物，杀死里面的病原体，因此就需要空舍后彻底清洁冲洗，实际上，冲洗可以清除90%以上的猪舍内的病原体。如果猪舍内始终有猪存在，则很难做到彻底冲洗。
最好设立一个病猪舍，将病弱猪、生长缓慢的猪隔离到病猪舍，正常饲养的猪舍不能保留生长不良的猪，否则容易将疾病传染给下一批猪。
为了保证断奶猪的采食量，应该采取措施如降低饲养密度、增加料槽的面积和湿拌料设备。公猪是一个种猪场最大的财富，在夏季由于温度太高，影响公猪的性欲，也会使精液的品质下降，很多猪场在炎热的季节配种率显著降低。猪场的生产很难安排。建议在公猪舍安装水帘降温系统（比空调要好），既保证了温度的降低，又保证了通风的需要。一般情况下，水帘降温系统可以降低室温6～8℃。
四、饲养管理的改善
饲养管理是猪场疾病控制的最有效手段。疫苗接种、药物使用都是辅助性的，因而要切实做好饲养管理的改善，切断疾病在各个阶段传播的循环，特别是从育肥猪到种猪的疾病循环。
选种时将感染的猪或疾病恢复猪选作后备母猪，或者因为猪的体形较好，或者因为选种人员疏忽，忘记了前几个月爆发过猪瘟、伪狂犬、萎缩性鼻炎、猪痢疾、蓝耳病、圆环Ⅱ型病毒等。这些后备母猪选好后又将疾病传给其后代，这样疾病的循环就建立起来了。
一些规模较小的猪场饲养管理存在一些误区，过分控制防病用的疫苗或药费，认为药物、疫苗越便宜越好；没有在合适的时候投药，不该停药的时候停止用药（如应该在猪容易感染、发病的时候提前用药预防；在治疗期间应该有足够的疗程，同时要考虑联合用药）；有些猪场始终保留慢性感染的、衰弱的猪，将病原携带猪与健康猪长期饲养于同一环境中，容易发生疾病的交叉传播。
以下是不同阶段饲养管理要点，虽然不能完全做到，但应该做得越完善越好。
1.全进全出，每批次间彻底清洁、冲洗、消毒；
2.产前冲洗消毒母猪并驱虫；
3.将必需的交叉寄养限定在24小时内；
4.设立小的猪栏，并有密闭的档板，至少病猪栏和健康栏之间有档板；
5.降低饲养密度：保育舍≤3头/㎡；育肥猪舍＞0.75㎡/头（漏缝地板），如果是平养，则饲养密度还应降低，需要1㎡/头左右；
6.有足够的采食料位：7㎝/头仔猪；
7.保育舍一定要注意，保温和改善通风（氨气＜10ppm,二氧化碳＜0.1%），最好达到平衡；
8.保育舍不同批次，不同来源的猪不能混养；
9.生长育肥舍也不要将保育舍转入的仔猪再重新混群，否则容易引起应激反应；
10.适当合理的免疫程序；
11.严格的卫生措施（断尾、剪牙、注射、去势等）；
12.尽早将病弱猪隔离到病猪舍或淘汰，随时发现随时隔离或淘汰。
如果能够做到以上措施，则猪场各种疾病的发病率将显著降低，并可以少用药物或疫苗。

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